Dağlara, yüksekliklere ve mağaralara bir kült yeri olarak çok eskiden beri daima özel bir değer verildiği bilinir. Belki bu mağaranın içinde de evvelce böyIece bir sunak yapılmıştı. Hıristiyanlık yayıldıktan sonra burasının bilinmeyen bir tarihte ufak bir keşiş inzivağahı haline getirildiği de düşünülebilir. Tabiatıyla bu tahminler, benzeri eserlerde müşade edilen hususlardan çıkarılmaktadır. Ancak mağara kısmında yapılacak etraflı ilmi araştırma ve sondajlar bu tahminlerin doğruluk derecesini belki aydınlatabilir. Yoksa şimdiki halde müspet hiçbir dayanak yoktur.
Atina'dan gelen iki keşişin, Barnabas ve Sophronios'un Theodosios döneminde IV.V. yüzyıllarda burasını kurmuş ve Iustinianos'un kumandanı Belisarios'un da tamir ettirmiş olduğu yolundaki kuruluş efsanesinin sağlam bir esasa dayanmadığı açıkça belli olmasına rağmen bu hurafenin hala yaşatılması hayret verir. Bu efsane bir tarafa bırakılacak olursa, manastırın şimdiki halde hiç değilse onüçüncü yüzyıldan itibaren, tarihini takip mümkündür. Bu sırada artık Bizans İmparatorluğu'dan apayrı bir devlet halinde doğarak, başlıbaşına gelişmeye başlamış olan Trabzon Komnenos'ları Prensliği, başkenti Trabzon şehri olmak üzere bu çevrede hakim durumunda bulunuyordu. Kendilerini Bizans İmparatorluğu'nun gerçek mirasçısı olarak gören ve kendilerini imparator olarak tanıtan Trabzon prenslerinin bu ünvanını, 1261'de yeniden İstanbul'a sahip olarak eski Bizans devletini ihya eden hakiki Bizans İmparatorluğu kabul etmemiştir.

Bilhassa komşu Türk beylikieri ile çok yakın ve girift temasları bulunan Trabzon Kommenosları'ndan III Alexios (1349-1390) bu manastırın esas kurucusu sayılabilir. İki kızkardeşi Türk beyleri ile evli olan, kendi dört kızını da komşu Türk beylerine veren III. Alexios'un Sumela'ya özeI bir ilgi gösterdiği kaynak ve belgelerden anlaşılmaktadır. Buradaki keşiş hücrelerine, onun büyük dede, dede ve babasının da bazı bağışlarda bulunmuş oldukları bu vesile ile öğrenildiğine göre, Alexios'un büyük dedesi II. loannes (1280-1285) zamanından beri burada dini bir merkezin varlığına ihtimal verilir. Yine başka bir efsaneye göre, büyük bir kasırga sırasında Meryem'in yardımı ile canını kurtaran III. Alexios burasını yeni bir tesis halinde inşa ettirmiş, zengin vakıflar bağışlamış bir Khrysobullos yeni bir ferman ile de bu vakıflarını sağlam esaslara bağlamıştır. Manastırın 1650'ye kadar dış kapısı üzerinde görülebilen 1360 tarilili, beş mısralık bir manzum kitabede III. Alexios, bu tesisin kurucusu (ktetor), "Doğu ve Batı (=İberia)'nın hakimi İmparator" olarak gösterilmişti. Alexios 1361 yılındaki bir güneş tutulmasını burada karşılamıştır. Hatta, bu prensin sikkelerinde güneş resmi bu olayla ilgili kabul edilmektedir. 1365 tarihli "vakfiyesi" ile de manastırın bütün idari şartlarını, arazisini, gelirlerini düzene koyduktan başka, Trabzon'a gelecek bir tehlikeyi, bir Türk akınını önlemek üzere, buradaki keşişlerin daima uyanık bulunmalarını da bildirir. Alexios'un oğlu III. Manuel (1390-1417) babası gibi dini tesislere bağlılığı olan bir şahıs idi. Tahta çıktığı yıl, saray hazinesinde bulunan değerli bir stavrotegi (içinde İsa'nın çarmıhının bir parçası bulunduğu iddia edilen müzeyyen bir haç) Sumela'ya hediye etmişti. Son Trabzon Komnenos'ları da Sumela Manastırı'nı yeni fermanlar ile zenginleştirmişler veya vakıflarını tasdik etmişlerdir. Trabzon ve havalisi Türk idaresine geçtikten sonra Osmanlı Sultanları, Aynaroz'da, Sina'da ve daha birçok manastırda da olduğu gibi Sumela'nın eski hak ve hukukunu dikkatle korumuşlar, hatta buraya imtiyazlar vermişler, bazı hediyeler de yollamışlardı. Nitekim Sumela'da bulunan iki şamdan, Yavuz I. Selim (1512-1520)' in bir hediyesi olarak biliniyordu. Burada ayrıca Trabzon fatihi II. Mehmed'in de manastırın haklarını tanıdığını bildiren bir fermanı muhafaza ediliyordu. Daha başka fermanların saklandığı, burası hakkındaki yayınlardan öğrenilmektedir. Burada Sultan II. Bayazıd, I. Selim, II. Selim, III. Murad, İbrahim, IV. Mehmed, II. Süleyman, Mustafa ve III. Ahmed tarafından verilmiş fermanlar bulunduğu bildirilmektedir. Onsekizinci yüzyılın ikinci yarısından itibaren manastır ile Eflak Voyvodalarının ilgilendik1eri ve devamlı yardımlar ve yazı1ar gönderdik1eri tespit olunmuştur. Ghikas (1755), Stephan (1764), Hypsilantes'in (1775) böylece ilgilendikleri bilinir. Tabiatıyla manastırın arşivinde, İstanbul patriklerinin bütün Osmanlı devri boyunca yolladıkları yazılar da muhafaza ediliyordu. Sumela bilhassa onsekizinci yüzyılda Voyvodaların himayesinde gelişmiş ve birçok kısımları yeniden yapılmış, Ignatios adında bir başpiskopos 1749'da duvarların bütün satıhlarını yeniden fresko resimler ile süslemiştir. Sumela, Anadolu'da bütün Rum-Ortodoks topluluklarının görülmemiş bir zenginlik ve heyecan içinde teşkilatlandıkları, kilise ve manastırlarını her taraftan akan paralar ile yeniden inşa ettikleri, muhteşem şekilde süsledikleri ondokuzuncu yüzyılda, en parlak çağını yaşamıştır.

Fallmerayer'in 1840'ta yazdığına göre Sumela'nın gezgin keşişleri bütün Anadolu, Kafkasya, Balkanlar ve hatta Rusya'yı dolaşarak Meryem ikonasının kötu bir kopyasını satmak suretiyle iane topluyorlar, bu paraları müesseselerine getiriyorlardı. Nitekim bunlardan bir tanesi, üzerinde kırk bin kuruşluk bir servet ile dolaşırken Kayseri'de öldürülmüştür. Osmanlı devleti katilleri yakalatmış, idam ettirmiş ve çalınan paraları da manastıra teslim etmişti. Geçen yüzyıl içerilerinde iyice zenginleşerek 1860'a doğru büyük binalar inşası suretiyle muazzam bir tesis halini alan Sumela Manastırı, XIX. yüzyılın içinde yabancı seyvahları tarafından ziyaret edilerek kısa anlatımı yapılmıştır.

Manastırdan en etraflı surette bahsedenlerden biri, G. Palgrave (1826-1888), 1871 Şubatı'nda yayımlanan makalesinde oldukça ilgi çekici bilgiler verir. Sultan Murad'ın buradan geçerken manastırı güya topa tutturduğu yolundaki efsanenin yalan olduğuna işaret ile Murad'ın buradan geçmiş olmasına imkan olmadığını belirtir. Palgrave buraya geldiğinde o sırada "yeni bina" denilen kışlavari büyük yapı henüz yapılmış ve biteli üç sene kadar oluyordu. Bu İngiliz yazarının müşahadesine göre bu binanın uçurumdaki kemerler dahil yedi katı vardı ve esas mesken kısmı dört sıra pencereye sahip olup ayrıca üstte de bir galeri uzanıyor idi. Boydan boya içinde tek sıra halinde her katta sekizer oda vardı ve genel olarak çok sağlam bir bina olduğu anlaşılıyordu. Palgrave, Murad ve I. Selim'in hediyelerini de anarak III. Alexios'un minyatürlü fermanını da gördüğünü bildirir. Manastıda II. Selim'in fermanını gören Paigrave, keşişlerin Sultan II. Selim aleyhine atıp tutmalarını pek hoş karşılamadığını da açıkça ifade eder.

Trabzon'un 18 Nisan 1916'dan, 24 Şubat 1918'e kadar süren Rus işgali, burada bir Hıristiyan Pontus devletinin tekrar kurulacağı ümitlerini doğurmuştu. Kurtuluş Savaşı sonunda, bu ümit kapılarını kapamak üzere 1923'te bütün Rumların Yunanistan'a gönderilmeleri ile Sumela Manastırı boşaltılmıştır. Hicret eden Rumlar, eski hatıralarına bağlılıklarının bir belirtisi olarak Makedonya'da Verria (Türk devrinde: Kara Ferye) yakınında Kastania'da aynı adla yeni bir manastır kurarak buraya modern bir Mervem Ana resmi yerleştirmek suretiyle, eski geleneği yaşatmaya başlamışlardır.

Sahipsiz ve kontrolsuz kalan bu koca tesis, hızla harap olmaya başlamış, 1930'da bir yanğın, ahşap kısımları silip süpürmüş, bu arada gizli defineleri aramak bahanesi ile lüzumsuz bazı büyük tahripler de yapılmış, kagir kısımlar yıkılmıştır. Burada ilk bakışta dikkati çeken husus darmadağın bir harabe görünüşü ve duvarlardaki freskoların, ustalıklı bir şekilde muntazam kareler halinde kesilerek yerlerinden sökülüp götürülmüş olmasıdır. Son derecede zor olan bu işin başarılı şekilde yapılması, bunu oralıların değil, bu çesit hatıralara meraklı ve gerekli bilgiye sahip "bilgili" yabancı ziyaretçiler tarafından yapıldığını gösterir.

Sumela Manastırı'na, ormanın içinde bir patikadan tırmanılır. Manastırın girişi çok sıkı emniyete alınmış ve dar uzun bir merdivenle, son kısma erişilmesi mümkün kılınmıştır. Bu merdivenin yanında yamaca yaslanmış büyük bir su kemerinin, tesise evvelce su getirdiği anlaşılmaktadır. Eski fotoğraflarda geniş kavisli on kadar gözü ile mükemmel bir halde fark edilen bu kemer, şimdi yıkık durumdadır. Kapıdan girildiğinde, kapıcı hücreleri vs geçildikten sonra bir merdivenden küçük iç avluya inilir. Burada merkez, solda bulunan kilise haline getirilmiş olan tabii kovuktur. Kovuğun karşısında muayyen bir düzene sahip olmaksızın inşa edilen ceşitli manastır binaları görülür. Bu avlunun sol tarafında şimdi kısmen yıkılmış ve içine moloz dolmuş bir halde, yukarıdan kayadan süzülen ve damlayan kutsal suyun toplandığı çok yeni tarihiere ait, bir şadırvan vardır. Yine sol tarafta mağaranın içine, manastırın en eski kısmı olan kilise yerleştirilmiştir. Avluya doğru çıkıntı teşkil eden ayrıca bir şapel bitişik bulunan bu kilisenin gerek iç duvarları, gerek avludan görülen dış duvarı tamamen fresko resimler ile kaplıdır. Ancak yakından dikkatli incelendiğinde bu resimlerin birçoğunun geç bir tarihe ait oldukları ve altlarındaki başka tabakalarda daha eski ve çok daha değerli duvar resimlerinin bulunduğu Fark edilir. Zaten bu husus bazı yazılar ile de belirtilmiştir. Avlunun sağ tarafında ise 1860 yılına doğru inşa edildikieri bilinen birtakım misafir odaları ve kütüphane olarak kullanılmış olan mekan bulunmaktadır. Avlunun etrafında daha birçok küçük şapeller vardır. Manastır şimdiki duruma girmeden çekilen eski fotoğraflarda, bütün bu binaların avluya bakan yüzleri önlerinde birbirinin üzerine binen ahşap balkonlar, sundurmalar bulunduğu görülmektedir. Talbot-Rice'in bildirdiğine göre bunlarda ahşaptan yontulmuş güzel parçalar da mevcuttu. Bugün çok harap bir halde bulunan buradaki küçük şapellerden bir tanesinde on dört veya on beşinci yüzyıllara ait oldukları tahmin olunan resimler tespit edilmiştir. Avlunun ilerisinde dar bir koridor, kayalığın önundeki ensiz bir çıkıntı üzerinde uzanmaktadır. Burada doğrudan doğruya yamaca yaslanmış gösterişli bir bina uzanır. Sumela Manastırı'nın uzaktan görünüşünde daima ön plana geçen bu kısım, burada yaşayan keşişlerin barındıkları esas manastır yapısıdır. Üç esas kattan başka, ayrıca altta birkaç sıra mahzeni ve üstte bir de çekme katı olduğu anlaşılan bu yapının sacak dibinde sıralanan kemerli galerileri ile heybetli, bir görünüşü vardır. Adeta kitlesi ile dağın kayalarında uzaklardan beyaz bir leke halinde taşan bu kışla biçimli yapı, manastırın 1860'taki büyük tamir ve genişletilmesinde inşa olunmuştur. Büyüklüğü ile konumundan başka, kayda değer hiçbir sanat ve mimari özelliği olmayan bir binadır. Evvelce geniş saçaklı olan ahşap çatısı, içinin bölmeleri, ahşap katları yok olduğundan bugün dört duvardan ibaret bir harabedir. Bu duvarların arasında içi, derine doğru inen büyük bir boşluk halindedir. Dışarı bir çıkıntı teşkil eden ortadaki kulesinden asağı bakıldığında, bu binanın yapıldığı yerin baş döndürücü yüksekliği iyice anlaşılır.